Le site de Necker accueille aujourd'hui trois centres de référence Maladies rares :
1-Le centre coordonnateur du réseau malformations cardiaques congénitales complexes - M3C.
2-Le centre constitutif des maladies cardiaques héréditaires et rares qui concerne les maladies du muscle cardiaque et les arythmies héréditaires.
Ces deux premiers centres de référence font partie de la Filière de Santé Maladies Rares CARDIOGEN.
3-Le centre constitutif des hypertensions pulmonaires de l'enfant PULMOTENSION qui appartient à la Filière de Santé Maladies Rares RESPIFIL.
L'année 2025 a est une année charnière dans le développement de l'Unité Médico-chirurgicale de Becker-Enfants malades avec trois projets importants qui voient le jour :
1-La création du laboratoire associé avec l'Institut Imagine avec trois axes principaux les thérapies innovantes des maladies héréditaires du muscle cardiaque, le développement cardiaque et la création de jumeaux numériques.
2-L'ouverture du Centre Neuro-Cardiaque qui a pour objectif de dépister et faire prendre en charge les troubles du neurodéveloppement des malformations cardiaques congénitales avec un axe clinique au sein de l'Unité médico-chirurgicale et un axe de recherche fort au travers de programmes nationaux et internationaux en association avec l'INSERM et un consortium européen.
3-L'augmentation des capacités d'accueil des patients au sein de l'Unité médico-chirurgicale avec
l'extension de l’unité d’hospitalisation de 23 à 36 lits, en chambres individuelles et création d’un studio des parents, l'extension de la réanimation médico-chirurgicale de 18 à 26 lits et la création d’un 4ème bloc opératoire.